Un des trois arts majeurs des Shinobi, cet art repose sur l’emploi du Chakra pour donner naissance à des Jutsus à portée externe. Requérant une maîtrise du Chakra conséquent, il est à la base de plusieurs autres spécialités au vu de sa polyvalence qui ne peut qu’être spécialisé. Nécessaire pour de nombreux emplois, il s’agit notamment de l’art qui débloque les Affinités disponibles au Ninja et des nombreux Hijutsu. Cependant, il est à remarquer que l'emploi du Chakra à l'état "Pur" est impossible et qu'il faut donc absolument le convertir en Affinité.

Art de l’illusion, le Genjutsu est l’Art Majeur le plus délaissé de par sa complexité. Nécessitant non seulement une volonté de fer, mais une ingéniosité et une créativité rare, c’est surtout la délicate et subtile utilisation du Chakra qui est ici en jeu. Capable de perturber le flux de Chakra adverse, peu sont capable de maîtriser, ou de se protéger, contre de telles techniques. Cette spécialité comporte aussi ses propres affinités.

Art du combat à mains nues, cette discipline est un Art Majeur du monde Shinobi. Reposant sur la maîtrise du corps humain pour donner naissance à des enchaînements fatals, certains usent de Vitesse, de Force ou d’Agilité pour se distinguer de leurs compères. Classant tous les types de combat qui se basent sur l’utilisation du corps humain en premier lieu, le Taijutsu regroupe également quelques affinités en lien avec cette discipline, qui sont à considérées au même titre que les affinités élémentaires pour le Ninjutsu.

Les secrets du Art du ninjutsu Médical sont ici dévoilés. Style de soutien à ses coéquipiers, mais l’ingéniosité et la maîtrise parfaite du Chakra des Eisei-Nin leur ont permis de créer une véritable style de combat. Basé sur la maîtrise du Chakra, mais également sur leurs connaissances du corps humain, les Eisei-Nin peuvent devenir de redoutables adversaires.

Art du Scellement, cette spécialité requiert un contrôle du Chakra et des connaissances très poussées pour pouvoir donner naissance à des glyphes qui peuvent emprisonner certaines essences, ou encore les libérer. Difficilement applicable en combat, certains ont pu pourtant y trouver des applications.

Unique à Suna Gakure, le Kugutsu est une discipline de manipulation des armes des plus extraordinaire. Affinant leur chakra en forme de fils, les Kugutsu-nin manipulent des marionnettes afin d'attaquer à distance...ces dernières emplies d'armes toutes plus imaginatives que les autres.